原子印章按照印油的不同可以分为一次性印章和可加油印章两种不同的印章，后者又称渗透或储墨印章，当然，无论是哪种印章，都是好用的原子印章。在制作原子印章时都是有工艺要求的，印章的制作工艺主要有以下几个步骤组成。
步、制样稿
根据用户要求的原子印章印丈、字体、格式、尺寸，制印人要先制作样稿，一般采用选照排和打印机打印的方法获得所需要印刷字体文字。如果用户不需要印刷字体，也可以用写字体或将原印文作为底稿进行直接照相或通过高分辨率的扫描仪输入专用的原子印章计算机排版系统，经过修整后制成样稿，后打印出来。另外，还可以在专用的原子印章计算机排版系统中直接制样稿，然后将其打印在复印纸或硫酸纸上，也可以直接打印在透明胶片上供制版用。
第二步、照相制版
制作原子印章除了选照排可以直接获得样稿底片外，其他类型的样稿均需要进行照相。同时经放大或缩小达到符合设计规定尺寸的底片，然后将其放在晒版机上晒版，经过曝光、洗版等程序制成感光树醋凸版，此时凸版上的文字和图案是正的。
第三步、压模
原子印章的压膜是在压模机上以感光树醋凸版为母版，将特制纸置于母版上，加热的同时加压制成图文凹入的纸型模具版。这种纸型材料大多为进口材料，材料质地细腻，受热后软化。
第四步、压制印面
这道工序是制造原子印章后一道也是关键的工序。首先在纸型模具版表面铺上与印面材料成分完全相同的粉剂，使其填满凹下的文字笔划，再放置一块印面材料，送入压力机加压、加温。在一定温度下粉剂融化并与印面材料粘合，冷却后即可成型，这样印面上的图案，文字都是反的，经修整四边完成印面制作，然后将印面在原子印油浸泡，达到饱和后将其粘在相应规格的印柄活动内芯上，便制成了一枚原子印章。
原子印章大体上可分印柄、印面两部分，印柄由柄、弹簧、活动内芯、外壳组成，印面是用具有微孔结构的海绵体特殊材料热压形成。市面上棒的原子印章基本构成皆是如此，而且均是按照上述的工艺步骤加工而成，原子印章的质量绝对有保证。