一、三流不一致的发票
增值税可以抵扣的条件是“资金流”、“发票流”，“货物流”“三流”一致，否则不予抵扣。
【例】企业要想抵扣一张由M公司开具的增值税专用发票，其必须满足这三个条件：款项必须支付给M公司，发票必须是M公司开具，货物或服务必须由M公司发货或提供，三者缺一不可。这一点对于营改增之后存在挂靠情况或者资质共享业务的企业，尤其要值得重视。
二、用于简易计税方法计税项目、免税、集体福利和个人消费的购进货物、服务发票
【例】一家企业购买的电视机，安装在单位职工宿舍或者职工餐厅，那就是职工的一项福利，这样取得增值税发票就不能抵扣。如果购买的电视机放在会议室办公用，属于公司正常生产经营需要，这就可以抵扣。
三、取得虚开的增值税专用发票
企业如果善意取得虚开的增值税专用发票，如能重新取得合法、有效的专用发票，准予其抵扣进项税款；如不能重新取得合法、有效的专票，不允许抵扣进项税款。全面营改增后，增值税纳税人注意啦，一定不要为了所谓的避税进行买增值税发票等违法勾当，一旦被发现的话不仅不能抵扣进项税，严重的话可能牢底坐穿。
四、资料不全的完税凭证
纳税人凭完税凭证抵扣进项税额的，应当具备书面合同、付款证明和境外单位的对账单或者发票。资料不全的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。所以发生涉外业务的企业要想用完税凭证来扣税的话，合同、付款证明、发票缺一不可。
五、自开具之日起180日内未到税务机关办理认证、认证不符或虽认证通过但未在认证通过的次月申报期内申报抵扣的增值税专用发票。新加入营改增大家庭的财务人尤其要注意这些时间点，攒着进项税票进行纳税筹划的财务人千万错过了这个180天的时限。
六、没有按规定加盖财务专用章或者发票专用章的扣税凭证
一般纳税人销售货物或者提供应税劳务可汇总开具专用发票。汇总开具专用发票的，同时使用防伪税控系统开具《销售货物或者提供应税劳务清单》，并加盖财务专用章或者发票专用章。这一点在企业购进办公用品、劳保用品等抵扣时经常出现。
十、纳税人购进的旅客运输服务、贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。尤其注意纳税人向贷款方支付的与贷款相关的投融资顾问费、手续费、咨询费等，即使取得增值税发票也不能抵扣。
十一、非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。
十二、非正常损失的不动产，及其所耗用的购进货物、设计和建筑服务。
十三、向批发零售商购买农产品，或者向农业生产者购买非自产农产品，不得开具收购发票。只有直接从事农业生产的单位和个人销售自产而且免税的农产品才可以，凭借收购发票按照买价和13%的扣除率计算进项税额。
十四、营改增前发生的货物、服务、不动产采购业务，营改增之后收到的增值税专用发票不能抵扣。
【例】如A公司4月18日与B公司签订的材料采购合同，用于公司不动产建设，此不动产建设于4月28日已经完工，但是A公司5月10日才支付材料款并于同日取得增值税专用发票。与之类似的还有采购的设备、劳保用品、办公用品等营改增之前购买的此类货物或服务取得的发票是不可以抵扣的。
十五、辅导期一般纳税人取得的抵扣联交叉稽核比对没有返回比对结果或比对不符时，其进项税额不允许抵扣。